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SspDI属于常规限制酶系列，可识别G^GCGCC序列。不同于雷霆系列快速内切酶，SspDI需要较长时间酶切以实现DNA底物的完全切割，但该酶仍使用雷霆限制酶通用反应缓冲液CutFlash Buffer，可实现双酶切。

• 超长时间温育检测
  最适反应温度下，将10U SspDI与1μg pBR322共同温育16h，未检测到其他核酸酶污染或星号活性引起的底物非特异性降解。
  
• 酶切-连接-再酶切检测
  最适反应温度下，使用10U SspDI消化底物，回收酶切产物。在22℃下使用适量T4 DNA Ligase (Fast)可以将酶切产物重新连接。将连接产物再次回收后，使用相同的内切酶可以重新切开连接产物。

• 不同DNA中的酶切位点数量
  

  λDNA	ΦX174	pBR322	pUC57	pUC18/19	SV40	M13mp18/19	Adeno2
  1	2	4	1	1	0	1	20

• 甲基化修饰影响
  

  Dam	Dcm	CpG	EcoKI	EcoBI
  无影响	无影响	剪切受阻	无影响	无影响

• 在不同反应缓冲液中的活性表现
  

  CutFlash Buffer	Thermo Scientific FastDigest Buffer	NEB CutSmart Buffer	Takara QuickCut Buffer
  100%	<12.5%	100%	<25%

• 在冰上按如下建议的加样顺序配制反应体系：
  

  成分	用量
  ddH2O	至50μL
  10×CutFlash Buffer	5μL
  底物DNA	1μg
  SspDI(10U/μl)	1μL
  总体积	50μL

  • DNA底物中应不含苯酚、氯仿、乙醇、EDTA、洗涤剂或高浓度盐，否则将会影响SspDI酶活性。
• 轻柔吸打或轻弹管壁以混匀（切勿涡旋），然后瞬时离心以收集挂壁液滴；
  
• 37℃温育1~16h；
  
• 80℃温育20min即可使酶失活，停止反应，或者通过吸附柱或苯酚/氯仿纯化终止反应。

• 反应体系中加入的酶体积不应超过总体积的10%，避免酶中过多的甘油引起星号活性；
  
• 限制性内切酶存储缓冲液中的添加剂（例如甘油、盐）与底物溶液中的污染物（例如盐、EDTA或乙醇等）相同，反应体积越小，酶切反应抑制效应越强。